इंडस प्रचालन प्रभाग (आईओडी), इंडस सिंक्रोट्रॉन विकिरण सुविधा के निरंतर प्रचालन में शामिल है, जिसमें सिंक्रोट्रॉन विकिरण स्रोत इंडस -1 एवं इंडस -2, और उनके इंजेक्टर त्वरक शामिल हैं। आईओडी इन त्वरकों के लिए विकिरण सुरक्षा प्रणाली, विकिरण सुरक्षा इंटरलॉक सिस्टम, स्वास्थ्य भौतिकी आवश्यकताओं, प्रवेश नियंत्रण प्रणाली, वायवीय प्रणाली और पॉवर कंडीशनर के लिए एयर वॉशर सिस्टम आदि का भी ध्यान रखता है। शीतलक प्रणाली एवं प्रक्रम नियंत्रण अनुभाग भी, जो इंडस त्वरक का एक महत्वपूर्ण उप-सिस्टम है, इंडस ऑपरेशन डिवीजन का हिस्सा है। इसके अलावा आईओडी की त्वरक संरेखन प्रयोगशाला त्वरक के बड़े आयामों पर सभी सटीक ज्यामितीय / स्थिति माप आवश्यकताओं को पूरा करता है |

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• इंडस प्रचालन प्रभाग की गतिविधियां
• इंडस प्रचालन समन्वय एवं प्रशिक्षण प्रयोगशाला।
• त्वरक संरेखण प्रयोगशाला।
• विकिरण उपकरण अनुरक्षण प्रयोगशाला।
• शीतलक प्रणाली एवं प्रक्रम नियंत्रण अनुभाग (सीएसपीसीएस)
• स्वास्थ्य भौतिकी इकाई