आरएफ नियंत्रण प्रणाली इंडस -2 रिंग में स्थापित 6 आरएफ गुहाओं को नियंत्रित और मॉनिटर करती है। यह कैविटी गैप वोल्टेज, इसके चरण, अनुनाद आवृत्ति ट्यूनिंग प्लंजर स्थिति नियंत्रण आदि के लिए संदर्भ प्रदान करने के लिए स्थानीय आरएफ नियंत्रण के साथ बातचीत करता है। सिस्टम आरएफ पावर, कैविटी तापमान, कैविटी गैप वोल्टेज और चरण आदि जैसे विभिन्न मापदंडों के लिए रीडबैक सिग्नल की निगरानी भी करता है। आरएफ कैविटी गैप वोल्टेज भी एमपीएस धाराओं के साथ समकालिक रूप से रैंप किए जाते हैं। इंडस-2 RFCS में 1 SC से जुड़े 2 EC हैं।