रेडियो आवृत्ति प्रणाली प्रभाग (आरऐफएसडी) का कार्य आरआरकैट इंदौर में स्थापित विभिन्न आवेशित कण त्वरकों (चार्ज पार्टिकल ऐक्सलरेटर्स) के लिये आवश्यक विभिन्न रेडियो आवृत्ति एवं माइक्रोवेव घटकों (आर.एफ. कम्पोनेंटस) एवं उच्च शक्ति प्रणालियों (हाई पावर सिस्टम्स) को विकसित करना एवं उनका रख-रखाव करना है। इस प्रभाग द्वारा विभिन्न अनुकूलित (कस्टमाइज्ड) प्रणालियों एवं घटकों जैसे कि क्लाइस्ट्रॉन, आईओटी एवं ठोस-अवस्था (सॉलिड स्टेट) ट्रांजिस्टर पर आधारित उच्च शक्ति प्रवर्धकों (हाई पावर एम्पलीफायर्स), निम्न-तल आरएफ नियंत्रक प्रणालियों (लो लेवल आर.एफ. सिस्ट्म्स), उच्च वोल्टेज दिष्ट धारा आपूर्तियों (हाई वोल्टेज डी.सी.पावर सप्लाईज), क्लाइस्ट्रॉन मोड्यूलेटर्स, तरंग पथ निर्धारित्रों (वेव गाइड), सामान्य संचालन गुहिकाओं (नौर्मल कंडक्टिग कैविटी), समाक्षीय (कोएक्शियल) ट्रांसमिशन लाइनों, वेवगाइड आधारित निष्क्रिय (पैसिव) घटकों इत्यादि का सफलतापूर्वक स्वदेश में ही विकास एवं निर्माण किया गया है। बहुत से उच्च-शक्ति आरऍफ़ एवम् माइक्रोवेव घटकों की जटिलता तथा बाह्य स्रोतों से अनुपलब्धता के कारण, इस प्रभाग ने निम्नलिखित आरऍफ़ एवम् माइक्रोवेव तकनीकियों एवं प्रणालियों को स्वदेश में ही विकसित करने की दिशा में उल्लेखनीय प्रयास किये हैं-